Ingenuity gibt neueste Version seiner IPA-Software mit Workflow-Unterstützung für RNA-Sequenzierung und neuem mikroRNA-Filter
Redwood City, Kalifornien (ots/PRNewswire) – Ingenuity(R) Systems, ein führender Anbieter von Informations- und Analytiklösungen für Biowissenschaftler, gab heute neue Funktionen seiner IPA(R)-Software bekannt, die der Workflow-Unterstützung bei der RNA-Sequenzierung und der mikroRNA-Forschung dienen. Verarbeitete RNA-Sequenzierungsdaten können jetzt direkt in die IPA-Software hochgeladen und dann im Kontext der Pfade und Erkrankungen analysiert werden. Dies ermöglicht eine umfangreiche biologische Interpretation der gewonnenen Daten. So können sich die Wissenschaftler schnell und präzise auf die wichtigsten in der Fülle ihrer RNA-Sequenzierungsdaten enthaltenen Informationen konzentrieren und damit ihre Forschungsvorhaben schneller voranbringen. Ausserdem bietet die IPA-Software jetzt als einzige im Handel erhältliche Lösung eine beispiellose neue mikroRNA-Ziel-Filterfunktion. Mit deren Hilfe können Wissenschaftler sowohl vorhergesagte als auch experimentell nachgewiesenen mikroRNA-mRNA-Paarungen untersuchen, im Rahmen des relevanten biologischen Kontexts Prioritäten bei den Zielen setzen und die molekularen Wechselwirkungen dieser Zielbeziehungen sowie die zugehörigen biologische Auswirkungen sichtbar machen.
“Der neue mikroRNA-Ziel-Filter leistet im Verbund mit den zusätzlichen mikroRNA-Inhalten ideale Hilfestellung bei der Prioritätensetzung im Bereich der miRNA-Ziel-Interaktionen”, so Aaron Sarver, PhD, University of Minnesota. “Mithilfe von IPA können die Anwender auf Grundlage der relevanten biologischen Sachverhalte diese Wechselwirkungen schnell herausfiltern, um anschliessend die biologischen Effekte der Zielinteraktionen sichtbar zu machen. Mit IPA lassen sich interessante Erkenntnisse viel leichter gewinnen. Die Software ermöglicht es mir, die Literatur zu miRNA systematisch dafür zu nutzen, neuartige, überprüfbare Hypothesen aufzustellen.”
“Es spielt keine Rolle, ob unsere Kunden mit ‘omik- oder hochmodernen Sequenzierungsplattformen arbeiten, immer besteht diese grundsätzliche Diskrepanz zwischen den ausgegebenen Daten und der Möglichkeit, die Ergebnisse in einer Weise zu analysieren und zu interpretieren, die biologisch Sinn macht”, so Doug Bassett, PhD, CSO und CTO bei Ingenuity Systems. “IPA 9.0 lässt diese Kluft kleiner werden, indem es neue Plattformen, neue Analysemethoden und ergänzende neue Inhalte unterstützt. Dies alles soll den zentralen Bedürfnisse unserer Kunden zugute kommen, beispielsweise der biologischen Interpretation von mikroRNA- und NGS-Daten. IPA ist zum Branchenstandard für die Gewinnung von aussagekräftigen biologische Einsichten aus einer Fülle von Daten geworden. Wir freuen uns, Wissenschaftlern diese hochinteressanten neuen Funktionen für ihre rasant expandierenden Forschungsbereiche anbieten zu können. Unabhängig von der verwendeten Plattform liegt es auf der Hand, dass die Untersuchung von Genen unter Berücksichtigung bekannter molekularer Beziehungen, biologischer Prozesse und Krankheitsbeziehungen es ermöglicht, auf schnellere und zuverlässigere Weise aus komplexen Daten wichtige Einsichten zu gewinnen.”
Die neueste Version von IPA wartete mit bedeutende Verbesserungen auf, die Wissenschaftlern dabei helfen sollen, die grösstmöglichen Nutzen aus NGS-, Mikroarray- und ‘omik-Experimenten zu ziehen:
Neue mikroRNA-Ziel-Filterfunktion – die erste ihrer Art – und mikroRNA-Inhalte: Gewinnung von Erkenntnissen zu den biologischen Effekten von mikroRNAs anhand von experimentellen und vorhergesagten mikroRNA-mRNA-Beziehungen.
— Identifizierung von mRNA-Zielen für mikroRNAs mithilfe der neu in die
Software aufgenommenen vorhergesagten mikroRNA-mRNA-
Bindungsbeziehungen von TargetScan, zusätzlich zu den experimentell
validierten Beziehungen von TarBase.
– Senkung der Anzahl der für die verlässliche Identifizierung von Zielen
mittels Untersuchung der mikroRNA-mRNA-Paarungen erforderlichen
Schritte, Ergründung des zugehörigen biologischen Kontexts rund um
diese Beziehungen und Herausfiltern von mRNA-Zielen anhand von
relevanten biologischen Eigenschaften – und das alles mit einem
einzigen Tool.
– Einfache Prioritätensetzung bei mRNA-Ziel-Interaktionen anhand des
Konfidenzniveaus von Interaktionsvorhersagen, der Quelle, der Rolle
oder des Vorhandenseins bei bestimmten Arten, Erkrankungen, Geweben,
Pfaden, Zelllinien und molekularen Typen.
– Klärung des Wirkmechanismus von mikroRNAs.
– Effektiver Einsatz von mikroRNA- und mRNA-Daten in Kombination mit
anderen Arten von Daten bei der Erstellung einer integrierten
biologischen Analyse.
Erweiterter RNA-Sequenzierungs-Workflow: Direktes Hochladen der verarbeiteten RNA-Sequenzierungs-Daten in die IPA-Software, um die RNA-Sequenzierungsdaten im Kontext der bekannten biologischen Sachverhalte zu analysieren und zu verstehen und so eine Gesamtschau des experimentellen Systems zu gewinnen.
— Schnelles über die statistische Analyse von Hochdurchsatz-RNA-
Sequenzierungsdaten hinausgehendes Verständnis der biologischen
Implikationen der gewonnenen Daten u. a. zur genauen Identifizierung
von neuartigen Krankheitsmechanismen, zur Prioritätensetzung bei den
Angriffspunkten für Arzneimittel und zur Hypothesenbildung .
– Nahtloser Übergang von Datenverarbeitungs-Tools hin zur biologischen
Interpretation bei IPA durch direktes Hochladen von RefSeq-, Ensembl-
und UCSC-IDs.
Verbesserte Benutzeroberfläche: Die neuen Verbesserungen für einen schnellen Start und grössere Benutzerfreundlichkeit von IPA erlauben einen intuitivere Bedienung und rationelleren Zugang zu einer Vielzahl wichtiger Arbeitsabläufe. Wissenschaftler können in einem einzigen einfachen Schritt ihre Daten hochladen und analysieren, schneller nach Genen und Pfaden suchen und einfacher Beziehungen zwischen Genen sichtbar machen.
Weitere Informationen finden Sie unter: http://www.ingenuity.com/products/pathways_analysis.html oder tragen Sie sich unter http://www.ingenuity.com/products/IPA/Free-Trial-Software.html ein, um die Software kostenlos auszuprobieren
Informationen zu Ingenuity(R) Systems
Ingenuity Systems ist ein führender Anbieter von Informationslösungen und kundenspezifischen Diensten für Biowissenschaftler, Computerbiologen und Bioinformatiker sowie Zulieferer für die Biowissenschaftsbranche. Weitere Informationen finden Sie unter http://www.ingenuity.com
Orginal-Meldung: http://www.presseportal.de/pm/57484/2008062/ingenuity_systems/api
